按照功能不同酶標分析儀可以分為光吸收酶標儀，熒光酶標儀，化學發光酶標儀和多功能的酶標儀。
1.光吸收酶標儀
光吸收酶標儀是用來進行可見光與紫外光吸光度的檢測。特定波長的光通過微孔板中的樣品后，光能量被吸收，而被吸收的光能量與樣品的濃度呈一定的比例關系，由此可以用來定性和定量的檢測。光吸收的檢測技術成熟，成本低，操作簡單，但是動態范圍窄，靈敏度比較低，特異性不強。一般可見光和紫外光分別采用鎢燈及氘燈作為光源，而紫外/可見酶標儀是可以將兩種光源進行切換，適應不同測量波長的需求。
2. 熒光酶標儀
熒光酶標儀是用來進行熒光的檢測。通過激發光柵分光后的特定波長的光照射到被熒光物質標定的樣品上后，會發出波長更長的發射光，通過發射光柵后到達檢測器。熒光的強度與樣品的濃度呈一定的比例。熒光檢測靈敏度高，可實時檢測，使用方便，檢測模式多樣，但是容易受外界干擾，激發光與發射光容易互相影響，干擾檢測。
3. 化學發光酶標儀
化學發光酶標儀是來自生物化學反應中的自發光，可分為輝光型和閃光型兩種類型。輝光型發光持久，穩定，能持續一段時間;閃光型發光時間短，變化快，穩定性不強，需要應用自動加樣器才可以進行。化學發光酶標儀靈敏度非常高，動力學范圍廣。
4. 多功能酶標儀
多功能酶標儀是以上三種酶標儀的集合，集成了兩種或者三種酶標儀于一體，可以同時進行光吸收，熒光和化學發光的檢測，功能強大，使用范圍廣，可作為研究平臺，避免了重復購買。
按照濾光方式的不同酶標儀可分為濾光片式酶標儀和光柵式酶標儀。
1.濾光片式酶標儀
濾光片式酶標儀采用濾光片來進行波長的選擇，光源發出的全波譜光經過濾光片后，大部分被過濾，只剩下濾光片本身允許的波長通過，因此只能截取特定波長進行檢測。
2. 光柵式酶標儀
光柵式酶標儀采用光柵進行分光，光源發出的全波譜光線經過光柵后，通過光柵上面分布的一系列狹縫的分光，就可以獲得任意波長的光，波長連續可調。光柵式酶標儀使用方便靈活，可選擇任意波長的光，也能進行全波長的掃描，通過全波長掃描可以獲得未知樣品的吸收峰，從而可以達到檢測未知樣品的目的。
